Агенцията по вписванията е създадена на 31 юли 2004 г. с приемането на §27 от Закона за изменение и допълнение на Закона за кадастъра и имотния регистър (обн. ДВ, бр.36 от 30 април 2004 г.) и Устройствения правилник на Агенцията (ДВ, бр.63 от 20 юли 2004 г., в сила от 31 юли, 2004 г.). При създаването на новата институция към нея преминават 112-те Служби по вписванията към Районните съдилища.
В настоящия момент Службите са 113. Техните служители обработват всички подлежащи на вписване актове и въз основа на тях се извършват справки, издават се удостоверения и се правят преписи. По този начин се дава публичност и гласност на извършените вписвания, което гарантира сигурност при извършване на сделки с недвижими имоти.
От създаването си Агенцията по вписванията получава правомощия да води имотния регистър. През 2006 г. са положени основите за цялостното му реформиране. Две години по-късно беше изградена и внедрена единна, централизирана и електронна система по проекта „Кадастър и имотен регистър“. По този начин се съкратиха сроковете за въвеждането и издаването на документи. Предимство на системата е, че дава възможност да се осъществява вътрешен и външен мониторинг на извършваните сделки на територията на цялата страна.
От 11 август 2005 г. Агенцията пое още един регистър – БУЛСТАТ. В него се вписват всички юридически лица и клоновете на чуждестранни лица, които не се търговци. На вписване подлежат и лицата със свободни професии, както и тези, които се занимават със занаятчийска дейност. До 1 януари 2008 г. търговците бяха задължени в 7-дневен срок да се регистрират в Булстат, след това тази дейност се пое от търговския регистър.
След реформа в съществуващата търговска регистрация, от фирмените отделения на окръжните съдилища търговският регистър премина в Агенцията по вписванията. Информационната система на търговския регистър е единна, централизирана база данни. Целта е да се улесни започването на бизнес у нас, както и да се ограничат корупционните практики. Всеки има право на свободен и безплатен достъп до електронния образ на всички документи.
От 1 октомври 2009 г. влезе в сила новият Семеен кодекс. Брачните договори и избраният от съпрузите режим на имуществени отношения се вписват в регистър на имуществените отношения на съпрузите. Това е четвъртият национален електронен регистър, който администрира Агенцията по вписванията. Той е публичен, справки и удостоверения се правят за избрания режим на имуществени отношения.
От 1 юли 2023 г. Агенция по вписванията води Централен регистър за особените залози (ЦРОЗ), в който се вписват, обявяват или заличават заложени имущества по чл. 4 от Закона за особените залози (ЗОЗ). Информационната система на ЦРОЗ е единна централизирана база данни. Всеки има право на свободен достъп до данните и регистриран достъп до електронен образ на всички документи. Той е публичен, справки и удостоверения се правят през Единния портал за заявяване на електронни административни услуги (ЕПЗЕУ) на Агенция по вписванията.